Nestor Makhno nasce a Huljaj Pole nel distretto di Aleksandrovsk in Ucraina, il 27 ottobre 1889. Discendente da una famiglia di umili contadini lavora a sette anni come pastore, ad otto frequenta la scuola che lascia a dodici per mettersi al servizio dei kulaki tedeschi. Alto 1 metro e 65 centimetri è caratterizzato da una certa zoppia causata da colpi di sciabola e pallottole, una delle quali gli aveva rovinato la caviglia.
Nel 1905 aderisce alla causa rivoluzionaria ed entra nelle file degli anarchici, l’anno successivo si unisce al gruppo Huljaj Pole che fa proseliti soprattutto fra i contadini e i giovani.
Nel 1908 viene condannato a morte dalle autorità zariste ma, a causa della giovane età, la pena muta in ergastolo. In carcere stringe una solida amicizia con l’anarchico Pëtr Aršinov che lo aiuterà ad approfondire la sua cultura e ad elaborare le convinzioni anarchiche.
Nel 1917 Makhno fu rilasciato in seguito alla Rivoluzione di Febbraio e, poco dopo, ritornò a Huljaj Pole. Il lavoro di Makhno e del suo vecchio gruppo anarchico fu improntato al collegamento con le masse contadine che si organizzarono in Unioni Contadine prima e in Soviet dopo, e rifiutarono di pagare le rendite ai latifondisti. Allo stesso modo, Makhno si unì alle lotte operaie organizzando scioperi e iniziative.
La rivoluzione nella zona d'influenza di Makhno e del suo gruppo diventato ormai numeroso procedeva velocemente e ciò contribuì a fare di Huljaj Pole un centro d'attrazione per tutto il Paese. Furono realizzate collettivizzazioni della terra e furono organizzate Comuni agricole in tutte le province circostanti. Il tentativo di resistenza delle autorità centrali contro quanto stava accadendo in periferia convinse il locale soviet a creare un Comitato di salvezza della Rivoluzione presieduto dallo stesso Makhno, che iniziò a disarmare tutti i potenziali oppositori proseguendo la politica di collettivizzazione delle attività produttive.
Dopo il trattato di Brest-Litovsk firmato da Lenin che cedeva anche l'Ucraina, truppe austro-germaniche invasero il Paese e lo conquistarono in tre mesi. Gli anarchici si organizzarono in un esercito di liberazione votato alla guerriglia, mentre Makhno e una delegazione visitarono la Russia bolscevica al fine di tentare di riaprire i collegamenti e ricevere aiuto dai compagni anarchici. La delusione fu cocente: la polizia politica comunista aveva duramente colpito il movimento anarchico e la burocratizzazione era già un visibile segnale dell'autoritarismo del nuovo regime. Makhno ebbe inoltre un casuale incontro con Lenin nel quale la differente visione della società tra anarchici e bolscevichi apparve con tutta la sua evidenza.Macnho ritornò poi in Ucraina in modo rocambolesco e rischiando di essere ucciso e, infine, fu arrestato dagli austro-tedeschi in possesso di materiale propagandistico. Fu liberato grazie al pagamento di una cauzione d'importo rilevante raccolta dai suoi compagni. Dal 1918 al 1921, Makhno fu il leader del movimento di resistenza ucraino contro tutti gli oppressori austro-tedeschi, bianchi e bolscevichi. Il movimento crebbe enormemente e conseguì numerose e importanti vittorie, ma fu infine sconfitto dall'Armata Rossa.
Fu esiliato a Parigi, dove continuò l'attività politica in condizioni di vita molto umilianti, dove entrò a far parte del gruppo anarchico Delo Truda (Дело Труда, La Causa del Lavoro), e rimase anarchico fino alla morte per tubercolosi, avvenuta nel 1934. Le sue ceneri riposano nel cimitero di Père Lachaise.